（1）种子处理。种子可用40%福尔马林150倍液浸种30分钟，捞出后用清水冲洗干净再催芽播种；也可用50%甲基硫菌灵或多菌灵可湿性粉剂浸种30～40分钟。
（2）栽培措施。选用抗（耐）病或早熟品种；与非瓜类作物进行5年以上轮作；施用充分腐熟的堆肥；酸性土壤施用消石灰，把土壤pH调到中性；用嫁接苗防病效果最好，砧木可以选择南瓜、冬瓜和甜瓜，用南瓜属中印度南瓜（笋瓜）微米×中国南瓜的杂交一代品种圣砧1号作砧木与薄皮甜瓜嫁接，表现出较好的亲和力和较强的抗病性。
（3）药剂防治。采用营养钵育苗，移栽时用西瓜重茬剂300～350倍液灌穴。坐瓜后发病前或发病初期，还可选用以下药剂灌根：10%双效灵水剂200倍液，60%防霉宝超微可湿性粉剂600倍液，50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，20%甲基立枯磷乳油1000倍液，12.5%增效多菌灵浓可溶剂200～300倍液，60%琥·乙膦铝可湿性粉剂350倍液。每隔10天再灌1次，连续防治2～3次。枯萎病一定要早防早治，否则效果不明显。