牡丹根腐病主要有镰刀菌根腐病、白绢根腐病、紫纹羽病及根朽病等。镰刀菌根腐病主要为害根部。支根和须根染病根变黑腐烂，且向主根扩展。主根染病初在根皮上产生不规则黑斑，且不断扩展，致大部分根变黑，向木质部扩展，造成全部根腐烂，病株生长衰弱，叶小发黄，植株萎蔫直至枯死。白绢根腐病病株根及茎基呈水渍状褐色腐烂，上覆白色绢丝状菌丝，常产生许多棕褐色小菌核。紫纹羽病初细根腐烂，后扩展到侧根和主根，病根表面具紫红色网状菌丝束，近土面根际有紫红色绒毛状菌丝层，植株生长衰弱，黄化或泛红色。小蜜环菌根朽病引起牡丹根颈部生黑色菌索或蜜环状物，在木质部和树皮之间产生菌丛团。

Fusrium solani(Mart.)App.et wollenw．称茄类镰孢，属半知菌类真菌。引起镰刀菌根腐病。菌丝有隔膜。大型分生孢子纺锤形或镰刀状，稍弯，顶端细胞短，具隔膜2～7个，多为3～5个。小型分生孢子多为椭圆形，单细胞，聚生在分生孢子梗顶端呈假头状。厚垣孢子圆形或矩圆形，顶生或问生。菌丝生长、分生孢子萌发适温25～30℃，分生孢子在4%丹皮汁液中萌发率高。Athelia rolfsii(Curzi)Tu．&Kimbrough．称罗耳阿太菌，属担子菌门真菌。自然条件下很少产生。无性态为Sclerotium rolfsii Sacc．称齐整小核菌，属半知菌类真菌。引起白绢病。Helicoba-sidium mompa Tanaka Jacz．称桑卷担菌，属担子菌门真菌。引起牡丹紫纹羽病。此外Armillariellamellea(Vahl ex Fr．)Karst称小蜜环菌，也属担子菌门真菌，引起蜜环菌根朽病。

镰刀菌根腐病病菌以菌核、厚垣孢子在病残根上或土壤中或进入肥料中越冬，病菌经虫伤、机械伤、线虫伤等伤口侵入。安徽铜陵栽培的牡丹多采用育苗移栽，机械伤口较多，造成2年生牡丹受害重。连作的牡丹田常出现大面积死苗，地下害虫为害严重的发病亦重。白绢菌则以菌丝在病部或以菌核在土表越冬，通过灌溉水或农事操作传播蔓延。紫纹羽病菌则以菌丝体、根状菌索或菌核在病根上或土壤中越冬。条件适宜时，根状菌索和菌核产生菌丝体，在土表或土壤中延伸，接触寄主根系后，直接侵入为害。小蜜环菌则主要通过根状菌索传播。

1. 提倡与水稻轮作。

2. 采用营养钵育苗移栽，减少根部伤口。

3. 提倡施用保得生物肥或酵素菌沤制的堆肥或发酵好的饼肥或有机肥。

4. 发现病株及时挖除，病穴用石灰消毒。

5. 药剂防治移栽时用50%甲基硫菌灵或36%甲基硫菌灵胶悬剂600倍液，适当加入微肥或肥土调成糊状，蘸根后栽苗。

6. 生物防治。用5406抗生菌菌种粉1kg/667m²，拌细饼粉10～20kg，施在栽植穴中有效。

7. 白绢病发生后，用刀把根颈部病菌彻底刮除，再用抗菌剂‘401’50倍液或1%硫酸铜消毒，再外涂波尔多浆保护。也可喷淋10%混合氨基酸铜水剂(万枯灵)300～450倍液、20%二氯异氰脲酸钠可溶性粉剂300～400倍液、50%根腐灵可湿性粉剂800倍液、80%多·福·锌(绿亨2号)可湿性粉剂800倍液。

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