设施辣椒的主要病害包括炭疽病、灰霉病、病毒病等。其中，炭疽病是较为常见的病害之一，它会使得植株叶片出现黑色病斑，进而导致植株死亡。防治措施主要包括定期清洁和消毒设施，及时清理病叶等。

设施辣椒的主要虫害有红蜘蛛、斑点潜蝇、蚜虫等。其中，红蜘蛛是较为危害的害虫之一，它会在植株上吸取汁液，导致植株萎缩、死亡。防治措施可以采用农药喷雾、人工捕杀等方式。

除了病虫害外，设施辣椒还可能受到水肥管理不当等问题的影响。因此，种植者需要注意设施内的温度、湿度、光照等因素，合理施用肥料，避免过度或欠缺施肥。