胡萝卜菌核病在田间和贮藏期均可发生，主要为害肉质根。在田间发病，植株地上部根茎处腐烂，地下肉质根软化，组织腐朽呈纤维状，中空，病部外生白色棉絮状菌丝和黑色鼠粪状菌核。贮藏期肉质根染病，症状类似。

病原为Sclerotinia sclerotiorum (Lib.)de Bary。称核盘菌，属子囊菌亚门真菌。

病菌以菌丝、菌核及子囊孢子在菜窖中、土壤内或种子上越冬。该病属土传病害类型，其特点是子囊孢子在侵染循环中不起作用，以菌丝体为初侵染源，病健株接触构成再侵染。低温、湿度大易发病。

1. 农业措施：重病区或重病地与禾本科作物进行3年以上轮作，有条件的采用土壤淹水，以杀灭菌核。运胡萝卜的器具应消毒，入窖前剔除有病肉质根。窖温应控制在13℃左右，相对湿度80％左右，防止窖顶滴水和受冻。

2. 药剂防治：发病初期，可用50％速克灵可湿性粉剂1000倍液，或50％腐霉利可湿性粉剂1000倍液，或50％乙烯菌核利(农利灵)可湿性粉剂1000倍液，或50％异菌脲可湿性粉剂1000倍液，或40％菌核净可湿性粉剂800倍液，或50％氯硝铵可湿性粉剂1000倍液等药剂喷雾。每7天喷药1次，连续防治2～3次。在各种药剂中，菌核净可湿性粉剂是防治菌核病的特效药，但目前有些厂家为降低成本，进行药剂复配，大量掺入硫磺，有效成分低，致使药效很差，据菜农反映，温州斯佩斯公司生产的40％菌核净可湿性粉剂效果很好。