早期染病，幼小子实体被病菌菌丝体包裹，子实体很小就变褐枯死。通常，金针菇的症状是先在菌柄基部出现深褐色水渍状斑点，以后病斑逐渐扩大变软、腐烂，在病部表面产生一层白色絮球状分生孢子丛。

病原菌为Cladobotryum varium Nees属半知菌异形葡枝霉真菌。病菌菌丝白色，分枝，有隔。分生孢子梗直立，有隔，可反复轮状分枝，最后为3～6根近圆柱形，基部宽，向末端渐细，顶部钝的产孢细胞。分生孢子全壁芽殖，由顶端向基部连续产孢，连成不规则长链，产孢细胞逐渐变短。分生孢子近椭圆形，双胞，少数为单胞。厚垣孢子埋生，2～5胞成链，少数为单胞，淡褐色至褐色，有的厚垣孢子链具分叉，胞间内缢，基部具透明短柄或长柄。

软腐病又叫异形葡枝霉病，为金针菇重要病害。主要为害金针菇子实体，亦为害蘑菇子实体。金针菇感染后，从原  基形成到采收期均可发病，严重时显著影响金针菇生产。

病菌为土壤习居菌，可通过空气、覆土、水滴和昆虫进行传播。生长最适温度25℃左右，10℃时亦能正常生长。通常温暖或高温潮湿有利于发病。

根据本病特点，需特别注意通风降湿。此外，蘑菇生长期用2％石灰水喷洒，喷水后注意通风，抑制病害发生。发病后及时除去病土和病菇，控制喷水，用石灰粉撒在病区表面，控制病害扩展蔓延，菇床湿度宁干勿湿，避免人为传播。    

局部喷洒2％～5％福尔马林溶液，或用50％多菌灵可湿性粉剂、70％甲基托布津可湿性粉剂500倍液、用80％二氯异氰尿酸800倍液喷洒病区，控制病害发展。