主要为害子实体。发生在菌盖和菌柄上。菌盖上病斑圆形至椭圆形或不规则形，多数病斑发生在菌盖边缘。病斑外缘深褐色，潮湿时中央灰白色，有乳白色黏液。空气干燥，中央部分稍凹陷。菌柄上病斑梭形至长椭圆形，褐色，有轮纹，外圈颜色较深。条件适宜时多个病斑迅速发展扩大连片，遍及整个菌柄，使菌柄全部变褐软化，不能直立，病斑上亦有黏液，最后整朵菇变褐坏死腐烂，有时略具臭味。湿度很高，温度较低时，病菇往往不明显变色，病斑亦不明显，但乳白色菌液很多，病菇短期内即可腐烂倒伏。

病原菌为Pseudomonas sp.属假单胞杆菌细菌。病菌菌体杆状，端生单鞭毛，不产生芽孢，革兰氏染色阴性。在PDA培养基上表面光滑，稍隆起，单个菌落近圆形，很小，边缘较整齐。培养中很多小菌落连接成大菌落，大片菌落呈不规则形。

细菌性褐斑病又叫金针菇假单胞杆菌病，是金针菇主要病害。分布较广，发生很普遍。对生产影响很大。发病较轻时子实体多斑点，生长不良，严重时整丛子实体变黑腐烂，完全丧失价值。严重影响鲜菇的产量和质量。

此病的发生与金针菇品种抗病能力直接相关。高温高湿亦为病害的必要条件。病菌通过气流，人工喷水传播。菇体机械损伤和害虫造成伤口是病菌侵染的主要途径。在高温高湿条件下，如培养料含水量过高，通风不良，气温在18℃以上，菌盖表面较长时间保持水湿状态，均有利于病害的发生和发展。目前，国内品种如三明1号等抗病性较强，不发病或发病少，国外引进的乳白色品系如日本信农2号等发病率高，病情较重。另据观察，用冷水喷洒子实体可诱发或加重发病。

1. 因地制宜选用抗病品种，合理安排种植期，使子实体分化生长避开高温高湿季节。

2. 合理调控菇房温湿度，出菇期菇房温度宜控制在15℃以下，最好用温水喷洒，适当控制喷水量，勿使菇体吸水过多，每次喷水后要通风换气。

3. 栽培管理中避免机械损伤，及时防治害虫，减少伤口，降低染病机会。

4. 发病后及时清除病菇，用含有效氯0.02％～0.03％的漂白粉液，或试用47％加瑞农可湿性粉剂500倍液，或新植霉素3000倍液喷洒料面。