辣椒病毒病的毒源世界各地报道的有10多种，我国已发现7种，包括黄瓜花叶病毒（CMV），占55%；烟草花叶病毒（TMV），占26%；马铃薯Y病毒（PVY），占13%；烟草蚀纹病毒（TEV），占11.8%；马铃薯X病毒（PVX），占10.4%；苜蓿花叶病毒（AMV），占2%；蚕豆萎蔫病毒（BBWV），占1.4%。其中CMV可划分为4个株系，即重花叶株系、坏死株系、轻花叶株系及带状株系。
黄瓜花叶病毒（CMV）是甜（辣）椒上最主要毒源，可引致甜（辣）椒系统花叶、畸形、蕨叶、矮化等，有时产生叶片枯斑或茎部条斑。
烟草花叶病毒（TMV）是甜椒上第2位的毒源，主要前期为害，常引起急性型坏死枯斑或落叶，后心叶呈系统花叶，或叶脉坏死，茎部斑面或顶梢坏死。
马铃薯Y病毒（PVY）在辣椒上现系统性轻花叶和斑驳，引致花叶、矮化、果少等症，病毒粒子弯曲长杆状，质粒大小11纳米×730纳米，致死温度52～62℃，稀释限点100～1000倍，体外存活期2～3天。
马铃薯X病毒（PVX）引致甜椒产生系统性重花叶和叶脉深绿；病毒粒子弯曲杆状，大小11.5纳米×515纳米，致死温度68～76℃。
苜蓿花叶病毒（AMV）在甜椒上产生系统花叶或褪绿黄斑；病毒粒子呈弹状，是多个质粒的体系，含有5种大小不同的质粒，大小18纳米×（18.9～58.3）纳米，致死温度55～60℃，稀释限点1000～2000倍，体外存活期3～4天。
蚕豆萎蔫病毒（BBWV）造成甜椒叶片系统性褪绿、斑驳，花蕾变黄，顶枯，茎部坏死及整株萎蔫；病毒粒子球状，直径25纳米，致死温度60～65℃，稀释限点100～1000倍，体外存活期3～4周。