该病是由真菌引起的。主要危害结种株。发病初期在茎上形成大小不等的梭形或不规则形灰色病斑，边缘黑褐色，病斑上生出许多小黑点。发病严重时病斑环茎一周，引起病部以上叶片萎垂，病株根部皮层多腐烂，严重的植株枯死。

病原菌为菠菜茎点霉菌Phoma spinaciae Bub.et Kreig.，属半知菌亚门真菌。

病原菌随病残体留在土壤中或附着在种子上越冬。借风雨或灌溉水传播，进行初侵染和再侵染。先从老叶开始发病。

选用无病种子。种子用52℃温水浸种60分种。每667平方米施硼砂0.1～0.6千克，可提高抗病性。